Bahwa untuk mengetahui lebih banyak mengenai sejarah berdirinya Pengadilan Negeri Yogyakarta, alangkah baiknya untuk tidak mengabaikan mengenai sejarah berdirinya kota Yogyakarta, karena wilayah hukum Pengadilan Negeri Yogyakarta meliputi seluruh wilayah kota Yogyakarta.
Seiring berdirinya Kota Yogyakarta pada tahun 1755 yaitu dengan ditandatanganinya perjanjian GIJANTI dimana Kerajaan Mataram dibagi 2(dua) yaitu Surakarta dan Yogyakarta (Kerajaan Ngayogyokarto Hadiningrat), yang memegang kekuasaan di Yogyakarta adalah PANGERAN MANGKUBUMI yang bergelar SULTAN HAMENGKUBUWONO I.
Bersamaan dengan itulah Pengadilan Negeri Yogyakarta mulai berdiri. Sebelum menjadi nama Pengadilan Negeri Yogyakarta, pada jaman sebelum Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia dikenal dengan nama LANDSGERECH berkantor di Jalan Pangurakan yang juga dikenal dengan nama Jalan Trikora, dimana tanah dan gedung Pengadilan Negeri Yogyakarta tersebut adalah milik Kraton Yogyakarta.
Sejak berdirinya Pengadilan Negeri Yogyakarta sampai dengan tahun 1965 wilayah Daerah Hukum Pengadilan Negeri Yogyakarta adalah meliputi Daerah Istimewa Yogyakarta yang terdiri dari Kotamadya Yogyakarta (sekarang Kota Yogyakarta) dan empat kabupaten yaitu Kabupaten Gunung Kidul, Kabupaten Sleman, Kabupaten Kulon Progo dan Kabupaten Bantul.
Untuk meningkatkan pelayanan dalam memberikan pengayoman kepada masyarakat, Pengadilan Negeri Yogyakarta membuka tempat-tempat sidang diluar Pengadilan (Zitting Plaats) di empat daerah kabupaten tersebut yaitu Wonosari, Sleman, Kulon Progo dan Wates dalam perkara Pidana singkat dan rol/pelanggaran lalulintas. Sedangkan untuk perkara-perkara Gugatan/Permohonan tetap disidangkan digedung Pengadilan Negeri Yogyakarta di Jalan Pangurakan atau dikenal dengan Jalan Trikora Yogyakarta.
Kemudian dengan dibangunnya gedung Pengadilan Negeri Yogyakarta di Jalan Kapas No.10 Yogyakarta pada tahun 1957 maka kantor Pengadilan Negeri Yogyakarta telah menempati gedung tersebut sampai dengan sekarang dan ditetapkan pada tanggal 1 Juli 1957 merupakan tanggal Hari Jadinya Pengadilan Negeri Yogyakarta.
Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia, maka dibentuklah wilayah-wialayah hukum yang meliputi Kabupaten Gunung Kidul pada tahun 1965 kemudian dususul dengan Pengadilan Negeri Sleman, Pengadilan Negeri Wates di Kabupaten Kulon Progo, dan Pengadilan Negeri Bantul di Kabupaten Bantul, dimana wilayah hukumnya adalah meliputi daerah administratif pada tiap kabupaten tersebut.
Setelah terbentuknya Pengadilan Negeri di empat wilayah kabupaten tersebut maka sejak itulah wilayah hukum Pengadilan Negeri Yogyakarta hanya terbatas di wilayah Kotamadya/Kota Yogyakarta yang hanya bisa menangani perkara-perkara yang ada di wilayah hukum Pengadilan Negeri Yogyakarta (wilayah Kotamadya/Kota Yogyakarta).
Daftar nama-nama yang pernah menjabat Ketua Pengadilan Negeri Yogyakarta sebagai berikut :
| 1. | Gandra Subrata | Tahun | ||
| . | ||||
| 2. | Salatun | Tahun | ||
| . | ||||
| 3. |  R. Sugiman |
Tahun 1958 - 1963 | ||
| . | ||||
| 4. | Dr. Rh. Santoso Pudjo Soebroto, S.H. | Tahun 1963 - 1964 | ||
| . | ||||
| 5. |  Soeroto, S.H. |
Tahun 1964 - 1966 | ||
| . | ||||
| 6. |  Prof. Dr. Rm. Soedikno Mertokoesoemo, S.H. |
Tahun 1966 -1970 | ||
| . | ||||
| 7. |  Soedijono, S.H. |
Tahun 1970 - 1976 | ||
| . | ||||
| 8. |  Soenarjo, S.H. |
Tahun 1976 - 1981 | ||
| . | ||||
| 9. |  Sof Laroza, S.H. |
Tahun 1981 - 1983 | ||
| . | ||||
| 10. |  Ohim Padmadisastra, S.H. |
Tahun 1983 - 1987 | ||
| . | ||||
| 11. |  Sakir Ardiwinata, S.H. |
Tahun 1987 - 1988 | ||
| . | ||||
| 12. |  Sp. Soenarto, S.H. |
Tahun 1988 - 1991 | ||
| . | ||||
| 13. |  Soetrisno, S.H. |
Tahun 1991 - 1993 | ||
| . | ||||
| 14. |  R. Soengkono, S.H. |
Tahun 1993 - 1996 | ||
| . | ||||
| 15. |  Moh. Zubaedi, S.H. |
Tahun 1996 - 1998 | ||
| . | ||||
| 16. |  Ny. Sri Budiastuti Soenandar, S.H. |
Tahun 1998 - 2000 | ||
| . | ||||
| 17. |  I Made Sudharma, S.H. |
Tahun 2000 - 2001 | ||
| . | ||||
| 18. |  H. Rusdi As’ad , S.H. |
Tahun 2001 - 2002 | ||
| . | ||||
| 19. |  Ny. Soemilah, S.H. |
Tahun 2002 - 2003 | ||
| . | ||||
| 20. |  Ny. Hj. Endang Sri Murwati, S.H. |
Tahun 2003 - 2004 | ||
| . | ||||
| 21. |  Ny. Susilowati, S.H..Cn. |
Tahun 2004 | ||
| . | ||||
| 22. |  Widodo, S.H. |
Tahun 2004 - 2007 | ||
| . | ||||
| 23. |  H. Saltiar Kisam, S.H. |
Tahun 2007 - 2008 | ||
| . | ||||
| 24. |  Komari, SH.MHum. |
Tahun 2009 - 2010 | ||
| . | ||||
| 25. |  H. Mohammad Lutfi, SH. |
Tahun 2010 - 2013 | ||
| . | ||||
| 26. |  Muhammad Nurzaman, SH. |
Tahun 2013 | ||
| . | ||||
| 27. |  Agung Wibowo, SH.MHum. |
Tahun 2013 - 2014 | ||
| . | ||||
| 28. | Pontas Efendi, S.H. |
Tahun 2014 - 2015 | ||
| . | ||||
| 29. | Sunardi, S.H.,M.H. |
Tahun 2015 - 2016 | ||
| . | ||||
| 30. | Dwi Utomo, S.H.,M.H. |
Tahun 2016 - 2017 | ||
| . | ||||
| 31. | Tatik Hadiyanti, S.H.,M.H. |
Tahun 2017 - 2018 | ||
| . | ||||
| 32. | Soesilo, S.H.,M.H. |
Tahun 2018 - 2019 | ||
| . | ||||
| 33. | Budi Presetyo, S.H.,M.H. |
Tahun 2019 - 2020 | ||
| . | ||||
| 34. | Dr. Frida Ariyani, S.H., M.Hum. |
Tahun 2020 - 2022 | ||
| 35. | Muh. Djauhar Setyadi, S.H., M.H. | Tahun 2022 - 2023 | ||
| 36. | Tuty Budhi Utami, S.H., M.H. | Tahun 2023 - 2025 |